Studi In Silico Senyawa Bioaktif pada Daun Yakon (Smallanthus sonchifolius), Kayu Secang (Caesalpinia sappan L.), Daun Salam (Syzygium polyanthum) Sebagai Antidiabetes Mekanisme Kerja Inhibitor SGLT-2

Andri Prasetyo Prasetyo; Esti Mumpuni; Sekar Harsti Rahmadhani; Saeful Amin

Studi In Silico Senyawa Bioaktif pada Daun Yakon (Smallanthus sonchifolius), Kayu Secang (Caesalpinia sappan L.), Daun Salam (Syzygium polyanthum) Sebagai Antidiabetes Mekanisme Kerja Inhibitor SGLT-2

Andri Prasetyo Prasetyo, Esti Mumpuni, Sekar Harsti Rahmadhani, Saeful Amin

Abstract

Diabetes melitus adalah penyakit metabolik yang ditandai dengan hiperglikemia dimana pankreas tidak memproduksi cukup insulin atau tubuh tidak dapat menggunakan insulin secara efektif. Daun yakon, kayu secang dan daun salam memiliki beberapa yang berpotensi sebagai antidiabetes, namun belum diketahui senyawa spesifik mana yang terlibat dalam mekanisme inhibitor SGLT-2. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis potensi senyawa bioaktif yang terkandung dalam Daun yakon, kayu secang dan daun salam dalam menghambat enzim SGLT-2 secara in silico. Data senyawa aktif didapatkan dari laman PubChem. Kristal struktur dari Structure of human SGLT2-MAP17 complex bound with empagliflozin didapatkan dari Protein Data Bank dengan PDB ID: 7VSI. Molecular docking menggunakan Molegro Virtual Docker dan simulasi molecular dynamic menggunakan YASARA Dynamics. Hasil molecular docking didapatkan 4 senyawa memiliki nilai rerank score lebih negative dari senyawa pembanding (empagliflozi). Hasil visualisasi menunjukan residu asam amino yang berperan penting ialah PHE 98 dan VAL 157. Hasil molecular dynamics menunjukan kompleks ligan memiliki kestabilan ikatan paling baik dan stabil dari ligan uji lainnya. Dihasilkan senyawa yang stabil, yaitu 3,4-Dicaffeoyquinic acid.

Keywords

Diabetes Mellitus, SGLT-2 inhibitor, molecular docking, molecular dynamic

References

Abdullah, s. S., putra, p. P., antasionasti, i., rundengan, g., suoth, e. J., abdullah, r. P. I., & abdullah, f. (2021). Analisis sifat fisikokimia, farmakokinetik dan toksikologi pada pericarpium pala (myristica fragransa) secara artificial intelligence. Chemistry progress, 14(2), 81. Https://doi.org/10.35799/cp.14.2.2021.37112

Alberti, k. G. M. M. (1990). Diabetes around the world. Current status of prevention and treatment of diabetic complications: proceedings of the third international symposium on treatment of diabetes mellitus. Ics821, 116–122.

Dwi, d. K., sasongkowati, r., & haryanto, e. (2020). Studi in silico sifat farmakokinetik, toksisitas, dan aktivitas imunomodulator brazilein kayu secang terhadap enzim 3-chymotrypsin-like cysteine protease coronavirus. Journal of indonesian medical laboratory and science (joimedlabs), 1(1), 76–85. Https://doi.org/10.53699/joimedlabs.v1i1.14

Echeverría, j., opazo, j., mendoza, l., urzúa, a., & wilkens, m. (2017). Structure-activity and lipophilicity relationships of selected antibacterial natural flavones and flavanones of chilean flora. Molecules, 22(4). Https://doi.org/10.3390/molecules22040608

Elawati, n., & yuanita, l. (2021). Review: efek farmakologis dan efek toksik dari daun yakon (smallanthus sonchifolius). Unesa journal of chemistry, 10(2), 135–146. Https://doi.org/10.26740/ujc.v10n2.p135-146

Feingold, k. R. (2000). Oral and injectable (non-insulin) pharmacological agents for type 2 diabetes. Endotext, july. Http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25905364

Ferreira, l. G., dos santos, r. N., oliva, g., & andricopulo, a. D. (2015). Molecular docking and structure-based drug design strategies. In molecules (vol. 20, issue 7). Https://doi.org/10.3390/molecules200713384

Galicia-garcia, u., benito-vicente, a., jebari, s., larrea-sebal, a., siddiqi, h., uribe, k. B., ostolaza, h., & martín, c. (2020). Pathophysiology of type 2 diabetes mellitus. International journal of molecular sciences, 21(17), 1–34. Https://doi.org/10.3390/ijms21176275

Hardjono, s. (2016). Prediksi sifat farmakokinetik, toksisitas dan aktivitas sitotoksik turunan n-benzoil-n’-(4-fluorofenil)tiourea sebagai calon obat antikanker melalui pemodelan molekul (prediction of pharmacokinetic properties, toxicity and derivatives as anticancer drugs. Jurnal ilmu kefarmasian indonesia, 14(2), 246–255. Https://cactus.nci.

Nazli, r., studi, p., informatika, t., teknik, f., islam, u., singingi, k., kuantan, t., studi, p., informatika, t., teknik, f., islam, u., singingi, k., kuantan, t., & darah, k. G. (2018). Keputusan penentuan golongan obat sesuai dengan. Jurnal teknologi dan open source, 1(2), 67–74.

Paruch, k., biernasiuk, a., berecka‐rycerz, a., hordyjewska, a., & popiołek, ł. (2021). Biological activity, lipophilicity and cytotoxicity of novel 3‐acetyl‐2,5‐disubstituted‐1,3,4‐oxadiazolines. International journal of molecular sciences, 22(24), 1–16. Https://doi.org/10.3390/ijms222413669

Pires, d. E. V., blundell, t. L., & ascher, d. B. (2015). Pkcsm: predicting small-molecule pharmacokinetic and toxicity properties using graph-based signatures. Journal of medicinal chemistry, 58(9), 4066–4072. Https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.5b00104

Prasetiyo, a., kumala, s., mumpuni, e., & tjandrawinata, r. R. (2022). Validation of structural-based virtual screening protocols with the pdb code 3g0b and prediction of the activity of tinospora crispa compounds as inhibitors of dipeptidyl-peptidase-iv. Research results in pharmacology, 8(1), 95–102. Https://doi.org/10.3897/rrpharmacology.8.76237

Prasetiyo, a., kumala, s., mumpuni, e., tjandrawinata, r. R., & sulastri, l. (2023). Uji aktivitas penghambatan dipeptidyl peptidase-4 (dpp-4) senyawa dari lima tanaman indonesia secara in-silico. Jurnal fitofarmaka indonesia, 10(1), 1–10. Https://doi.org/10.33096/jffi.v10i1.884

Siswanto, i., pranowo, h. D., & mudasir. (2019). Docking of new designed compounds derived from 1,6-dihydro-1,3,5-triazine-2,4-diamine toward quadruple mutant plasmodium dihydrofolate reductase. Indonesian journal of chemistry, 19(3), 777–785. Https://doi.org/10.22146/ijc.39943

Soelistijo, s. (2021). Pedoman pengelolaan dan pencegahan diabetes melitus tipe 2 dewasa di indonesia 2021. Global initiative for asthma, 46. Www.ginasthma.org.

Yulianti, r., simanjuntak, p., & purba, a. V. (2020). Pengembangan sediaan serbuk antidiabetes dari kombinasi ekstrak kulit buah manggis (garcinia mangostana l.) Dan ekstrak daun salam (syzygium polyanthum (wight) walp.). Jurnal fitofarmaka indonesia, 7(1), 22–26. Https://doi.org/10.33096/jffi.v7i1.593

Full Text: PDF

DOI: 10.15408/pbsj.v6i2.39508